會處罰。根據(jù)《中華人民共和國發(fā)票管理辦法》第三十五條第九項規(guī)定，違反本辦法的規(guī)定，有下列情形之一的，由稅務機關(guān)責令改正，可以處1萬元以下的罰款；有違法所得的予以沒收：（九）未按照規(guī)定存放和保管發(fā)票的，《中華人民共和國發(fā)票管理辦法》第三十六條規(guī)定：“跨規(guī)定的使用區(qū)域攜帶、郵寄、運輸空白發(fā)票，以及攜帶、郵寄或者運輸空白發(fā)票出入境的，由稅務機關(guān)責令改正，可以處1萬元以下的罰款；情節(jié)嚴重的，處1萬元以上3萬元以下的罰款；有違法所得的予以沒收。  

丟失發(fā)票或者擅自損毀發(fā)票的，依照前款規(guī)定處罰。”因此發(fā)票丟失由稅務機關(guān)責令改正，可以處1萬元以下的罰款；情節(jié)嚴重的，處1萬元以上3萬元以下的罰款。具體處罰金額還需結(jié)合本省的《稅務行政處罰裁量基準》作出。

參考：某省的《稅務行政處罰裁量基準》：

相關(guān)案例：

2018年6月，新三板掛牌公司深圳市易騰達科技股份有限公司（以下簡稱易騰達公司）向客戶銷售模組一批，并開具增值稅專用發(fā)票（發(fā)票聯(lián)、抵扣聯(lián)）108份，但因客戶保管不善，將發(fā)票全部遺失，由易騰達公司向稅務局申請補辦。主管稅務機關(guān)根據(jù)《中華人民共和國發(fā)票管理辦法》，決定對易騰達公司處罰人民幣10000元整。

案例來源：2018年9月7日，《深圳市中易騰達科技股份有限公司關(guān)于公司收到稅務行政處罰事項告知書的公告》

第二聯(lián)為抵扣聯(lián)，是購買方扣稅憑證。一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的抵扣聯(lián)，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復印件留存?zhèn)洳椋蝗绻麃G失前未認證的，可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)認證，專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復印件留存?zhèn)洳椤?br style="margin: 0px; padding: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; word-wrap: break-word !important; text-align: left;"/>

第三聯(lián)為發(fā)票聯(lián)，是購買方記賬憑證。一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)，可將專用發(fā)票抵扣聯(lián)作為記賬憑證，專用發(fā)票抵扣聯(lián)復印件留存?zhèn)洳椤?/span>

一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，如果丟失前已認證相符的，購買方可憑銷售方提供的相應專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件及銷售方主管稅務機關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》或《丟失貨物運輸業(yè)增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》（附件1、2，以下統(tǒng)稱《證明單》），作為增值稅進項稅額的抵扣憑證；如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件進行認證，認證相符的可憑專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件及銷售方主管稅務機關(guān)出具的《證明單》，作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件和《證明單》留存?zhèn)洳椤?/span>

依據(jù)：《國家稅務總局關(guān)于簡化增值稅發(fā)票領(lǐng)用和使用程序有關(guān)問題的公告》（ 國家稅務總局公告2014年第19號）

第一聯(lián)為記賬聯(lián)，是銷售方記賬憑證，文件未作出明確規(guī)定，根據(jù)相關(guān)文件精神，可使用其他聯(lián)次的復印件記賬，注意由原件保存單位或者個人在復制件上注明“與原件核對無誤，原件存于我處”，并由提供人簽章。

《國家稅務總局關(guān)于消費者丟失機動車銷售發(fā)票處理問題的批復》（國稅函〔2006〕227號）規(guī)定：鑒于車主申報繳納車輛購置稅時需要報送《機動車銷售統(tǒng)一發(fā)票》（報稅聯(lián)），辦理機動車登記時需要報送《機動車銷售統(tǒng)一發(fā)票》（注冊登記聯(lián)），因此，當消費者丟失機動車銷售發(fā)票后，可采取重新補開機動車銷售發(fā)票的方法解決。

1、丟失記賬聯(lián)

普通發(fā)票第一聯(lián)為記賬聯(lián)，是銷售方記賬憑證，應取得發(fā)票聯(lián)的復印件，由原件保存單位或者個人在復制件上注明“與原件核對無誤，原件存于我處”，并由提供人簽章。

2、丟失發(fā)票聯(lián)

普通發(fā)票第二聯(lián)為發(fā)票聯(lián)，是購買方記賬憑證，可以參考《財政部關(guān)于印發(fā)<會計基礎工作規(guī)范>的通知》（財會字〔1996〕19號）第五十五條規(guī)定：“會計機構(gòu)、會計人員要妥善保管會計憑證。……（五）從外單位取得的原始憑證如有遺失，應當取得原開出單位蓋有公章的證明，并注明原來憑證的號碼、金額和內(nèi)容等，由經(jīng)辦單位會計機構(gòu)負責人、會計主管人員和單位領(lǐng)導人批準后，才能代作原始憑證。如果確實無法取得證明的，如火車、輪船、飛機票等憑證，由當事人寫出詳細情況，由經(jīng)辦單位會計機構(gòu)負責人、會計主管人員和單位領(lǐng)導人批準后，代作原始憑證。”，購買方取得開票方有效證明后用記賬聯(lián)發(fā)票復印件入賬，復印件上由原件保存單位或者個人在復制件上注明“與原件核對無誤，原件存于我處”，并由提供人簽章。

對丟失普通發(fā)票如何入帳，目前各省的規(guī)定不完全一致，如《河北省國家稅務局關(guān)于印發(fā)<增值稅普通發(fā)票管理辦法（試行）>的通知》(冀國稅發(fā)〔2007〕156號)第十七條規(guī)定，對丟失已開具的增值稅普通發(fā)票，購買方可憑銷售方主管國稅機關(guān)開具的《丟失增值稅普通發(fā)票已報稅證明單》（附件5）和記賬聯(lián)復印件到購買方主管國稅機關(guān)驗證相符后，憑記賬聯(lián)復印件及《驗證結(jié)果通知書》作為記賬憑證。因此具體請咨詢當?shù)刂鞴芏悇諜C關(guān)。

來源：小穎言稅  作者：嚴穎