保稅物流基地港航項目是海口綜合保稅區工委與港航集團合作的重要項目，將成為海口綜合保稅區保稅物流業發展的排頭兵。海南港航控股有限公司綜合保稅物流項目位于海口綜合保稅區內，占地面積119852平方米，年物流處理量140萬噸，擬建一座3000平方米的綜合辦公樓、7個77600平方米的通用倉庫、一個12000平方米的橡膠期貨倉庫、一個3500平方米的冷藏倉庫、10000平方米的集裝箱堆場、污水處理站和相應的供電、給排水、消防、通信等配套設施。由海南港航控股有限公司籌資建設，總投資約4億元，主要包括行政商務區、為入駐海口綜合保稅區其他企業物流配送、橡膠期貨及其他物資倉儲、海產品冷藏及加工、外貿集裝箱堆存等主要功能。

　　同時動工的還有海口綜合保稅區物流倉儲基地，西區（三層主體倉庫）建筑面積139029平方米，東區（二層立體倉庫）建筑面積75879平方米，服務樓建筑面積4419平方米，一層倉庫建筑面積58986平方米。